لقد مات "المعتضد" و"المعتمد" من قبله، ميتة طبيعية بعكس الخلفاء الذين فتك بهم الأتراك، وقد آلت الخلافة من بعد المعتضد إلى ابنه أبى محمد على الذى تلقب بـ"المكتفى بالله" سنة 289هـ/ 902م، واستمرت خلافته حتى سنة 295هـ/ 908م.
ولقد بدأ عهده بداية طيبة؛ فأمر بهدم المطامير "السجون" التى كانت معدة للمسجونين، وأمر ببناء جامع مكانها، وأمر برد البساتين والحوانيت التى كانت قد أخذت من بعض الناس؛ فأحبه الناس لسيرته الحسنة، وأعماله المجيدة.
القضاء على القرامطة:
ولكن لم يخلُ عهده -كسابقيه- من ثورات، والحديث عن الثورات فى عهد الخلفاء متجدد، وعدوان الروم متواصل، ولا يكاد خليفة يتفرغ للإصلاح والتعمير حتى يفاجأ بمثل تلك الثورات، وذلك العدوان، إنها المؤامرات على الإسلام والمسلمين، التى تستهدف إعاقة المسيرة، وهدم الدولة، وإفساد العقيدة.
لقد حاصر "القرامطة" دمشق، وضيقوا عليها حتى أشرف أهلها على الهلاك، وكان ذلك فى سنة 290هـ/ 303م، وتواصل عدوانهم على البلاد المجاورة، وخرجت جيوش من مصر للدفاع عن دمشق، وتحركت نجدة من بغداد، وكان القرامطة قد عاثوا فى الأرض فسادًا وقتلوا الحجاج، واعتدوا على أعراض المسلمات، وقويت شوكتهم، ولم تستطع النجدات سحقهم وقطع دابرهم حتى سنة 291هـ/ 304م؛ حيث استطاع جيش الخليفة أن يرد كيدهم فى نحرهم، ويقضى على معظمهم بعد أن بلغه ما فعلوه بالحجاج.
تبادل الأسرى مع الروم:
وأغار الروم على البلاد، وكان الرد حاسمًا وعنيفًا، وختمت العلاقات بين المسلمين والروم فى خلافة المكتفى، بتبادل الأسرى وفدائهم، وقد استنقذ ثلاثة آلاف نسمة من أيدى الروم ما بين رجال ونساء وأطفال.
زلزال وريح وفيضان:
رحم الله المكتفى لم يسلم عهده من زلزلة عظيمة هزت بغداد كلها، ودامت أيامًا، وذهب ضحيتها خلق كثير، وهبت ريح بالبصرة لم يُرَ مثلها، وزادت مياه دجلة زيادة كبيرة ففاض الماء وأغرق الأرض، وخرب الديار والزروع، لقد دامت خلافة المكتفى ست سنوات وستة أشهر، ولقى ربه سنة 295هـ/ 908م، وروى أنه قال عند موته: والله ما آسى إلا على سبعمائة ألف دينار صرفتها من مال المسلمين فى أبنية ما احتجت إليها، وكنت عنها مستغنيًا، أخاف أن أسأل عنها، وإنى أستغفر الله منها.